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 FreePhyloTree

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Peregring-lk
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MensajeTema: FreePhyloTree   Miér 29 Dic 2010, 20:29

Buenas, quería anunciar el proyecto que estoy desarrollando, que tiene que ver mucho con la temática principal de este foro.

Este proyecto es uno de los 114 proyectos inscritos en el concurso universitario del software libre. Mi proyecto, como indica el título del tema, se llama FreePhyloTree, y es un visualizador de árboles filogenéticos, es software libre, y, aunque ahora mismo la visualización es bidimensional, el entorno de programación es 3D y puede que la visualización también lo sea en un futuro.

Aunque ahora mismo es un simple visualizador de árboles, pretendo convertirlo en una mini-enciclopedia de evolución, usando el árbol como visualización gráfica que hace más cómodo su estudio. El software está muy verde, pero es la matriz de un software que puede ser mas potente si sigue creciendo. En la presentación del blog oficial del proyecto se explica mas detalladamente en qué consiste el software:


Y aquí un video del estado actual del software, en su versión v0.2:




Saludos,
Peregring-lk


Última edición por Peregring-lk el Dom 27 Mar 2011, 20:45, editado 1 vez
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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Miér 29 Dic 2010, 22:53

Ya te contesté en tu blog, pero te lo pongo también aquí!

Hola Pere!, acabas de fundir tus dos aficiones, la informatácia con al prehistoria! solo puedo felicitarte, y por supuesto tienes toda mi ayuda si necesitas algo de información, vamos a ver si me entero:

Es un software para visulaizar árboles filogenéticos. Por ejemplo yo podría hacer un archivo en un cierto formato que tu progama podría leer y representar?!?! o como es esto?!

ME gusta el formato del arbol, lo que no me acaba de convencer es que no quedaría claro la posición temporal de las especies de forma visual (no se si esto se podría resolver de alguna forma)

Respecto a las especies con dudas en su clasificación, yo las ubicaría en la posición mayoritariamente aceptada y reflejaría las discuciones que hay sobre la especie en concreto hasta que se aclaren en el futuro, si es que esto sucede!

Saludos, dime algo

Pd.: Pere el color de los links de tu nuevo blog, una vez que los ejecutas, se confunde con el texto!, por cierto muy guapo el formato

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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Jue 30 Dic 2010, 03:08

La idea es que habrá una base de datos detrás. Tu actualizas la base de datos a través del software (como en wikipedia), y el arbol se representa. No es un fichero con un formato que debes conocer, y que luego el programa lee, sino que a partir del software añades tus nuevos clados. Luego, de esa base de datos, representas lo que quieras, seguramente le pondré un buscador cuando la base de datos sea grande, pero para ello me hacen falta varias cosas, un sitio web, un mecanismo de alta de usuarios, etc. Al estilo google-earth. Pero eso será uno de los últimos pasos, por ahora la base de datos será local, tú tendrás que bajarte tanto el programa como la base de datos. No habrá «internet».

Por otro lado, ahora solo se imprimen árboles, y ya está. El ejemplo que he puesto ni siquiera es un árbol filogenético en verda, más bien sería un cladograma. Pero porque es un árbol que he hecho de prueba.

Sobre la «evolución temporal», aún no he puesto nada, pero es una cosa que quiero poner desde el primer momento. Pero las cosas paso a paso.

Respecto a las «alternativas» filogenéticas, se supone que en un futuro cada clado tendrá asociado un nombre de autor, entonces yo puedo elegir qué alternativa visualizar, y todo desde la misma interfaz. Supongo que cada alternativa tendrá algún indice de «importancia» o consenso, y se cargara como alternativa por defecto la que mayor consenso tenga, y luego el usuario podrá visualizar la alternativa que desee.

Aunque para eso queda muuucho, porque todavía tengo que ver y definir como será la base de datos con la que interactúe, y de qué forma.

Saludos,

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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Jue 30 Dic 2010, 11:21

Ok, comprendido +-, mantennos informados!, todavía tienes mucho curro por delante, pero la cosa pinta muy bien, sobre todo si en un futuro se decide tomar tu proyecto para incluir en lugares de difusión libre en la red como wikipedia por ejemplo...

Saludos

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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Jue 30 Dic 2010, 15:49

Mola.

Si tienes alguna duda, no dudes en consultarnos.
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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Miér 16 Mar 2011, 02:03

Bueno, versión v0.5.

Aquí os dejo el video:

https://www.youtube.com/watch?v=udweZ8QxTd0

Y la noticia de la nueva versión en el blog:

http://freephylotree.blogspot.com/2011/03/version-v05.html

El proyecto ya es "medio" funcional, aunque como tal poco que ofrecer, y va un poco lento cuando el árbol es grande.

Saludos,
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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Miér 16 Mar 2011, 03:19

Menudo curro Pere, pinta muy bien!, pero el programa se puede descargar o aún no?!, y una pregunta, tiene buscador, es decir si yo introduzco una especie en concreto me sale su arbol filogenético o tengo que ir desde el principio hasta llegar a ella...creo que esto le daría mucho potencial...

Pd.: Por ser pijotero, el nombre de las especies no está en cursiva No Very Happy

Saludos y mis felicitaciones, espero que todo el trabajo que has invertido en el desarrollo del software, en un futuro lo rentabilices!

SAludos

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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Miér 16 Mar 2011, 03:53

Es cierto lo de las cursivas!! No había caido!! Tengo que mirarlo haber cómo se haría.

Y el buscador no, aún no lo tiene, es una de las grandes faltas. Tiene «lo que ves». Y sí, se puede descargar, el código fuente, pero no se puede ejecutar para windows aún (o al menos yo no he probado si funciona o no, todavía), y tampoco he documentado mucho qué hace falta para instalarse y demás.

Espero hacerlo en breves momentos.

Saludos,
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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Miér 16 Mar 2011, 03:54

Y una puntualización, mi proyecto, de árboles filogenéticos, todavía nada. Por ahora solo imprime cladogramas, dado que cada nodo representa, en realidad, un taxón, y la verdad, tengo que mirarme si debería cambiar el nombre del proyecto o no.

Saludos,
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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Miér 16 Mar 2011, 23:45

Yo soy un cero a la izquierda en informática, la verdad, pero la sensación que tengo al verlo ahora (no lo había visto en sus versiones pretéritas) es que le das a un nombre y a partir de él te surge un clado, vuelves a pinchar y te sale de ahí otro, ¿no?

¿Me lo parece a mi o se pierde la noción de proximidad entre las especies del género que consultes y el género más cercano a esta consulta? Repito que mi pregunta es desde la más profunda ignorancia informática.

Es que sería interesante que si buscas una especie en concreto, por ejemplo, Azolla, saber qué otros helechos tiene más cercanos, en familia o géneros. No sé si me estoy explicando.

Esto es tan solo mi percepción.
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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Jue 17 Mar 2011, 02:43

Sí, más o menos. Cuando pinchas en el nombre de un clado, se expanden sus subclados (los clados que se indiquen en wikispecies), hasta 2 niveles, a no ser que un clado tenga muchos hijos, que solo se expande un nivel, para que no se pete. Por ejemplo, si expando el clado animalia, solo se expande un nivel, porque hay muchos subclados.

El problema es que el árbol solo se expande en dirección antecesor-descendente, y además, no hay buscador. Entonces, para ver los "primos" de un clado dado, habría que mostrar a su "padre", y luego expandirlo de nuevo para ver al resto de hijos, y eso no está todavía implementado, pero se hará, tranquilo.

Cuando esté hecho, te aviso, y así podrás hacer las consultas que te interesen.

Saludos Tyndall, y gracias por vuestro interés a los demás.
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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Vie 18 Mar 2011, 01:56

Ok.

La verdad es que tiene mucho curro, pero sólo advertí eso como "problema". A ver si tienes suerte y te sale bien, hombre.
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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Vie 18 Mar 2011, 18:33

Ah, creo que no te había entendido.

Sí, se pierde un poco la noción de proximidad, pero creo que es por que no se indica cual es la dirección ancestro-descendiente, ya que el árbol se imprime de forma libre. Tendré que añadir algún efecto gráfico para que se vea cual es la dirección del árbol.
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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Vie 18 Mar 2011, 22:11

A eso me refería.

Por cierto, ¿los datos que tomas están relativamente actualizados? Lo digo para realizar consultas puntuales, que nunca se sabe.
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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Sáb 19 Mar 2011, 00:57

Los datos son tomados de aquí:

http://species.wikimedia.org/wiki/Main_Page

Sin más.

La aplicación muestra datos actualizados si wikispecies está actualizado.
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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Sáb 19 Mar 2011, 02:48

En plantas no entiendo por qué no incluye a las progimnospermas, porque incluye a las pteridospermas, que son fósiles.

Supongo que estará en constante ampliación.
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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Sáb 19 Mar 2011, 05:52

Pues eres libre de ir a wikispecies y editarlo tú mismo ... que para eso es una wiki.
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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Dom 20 Mar 2011, 00:11

Tendría que saber los géneros que hay dentro de ese clado fósil. Quizás en el Carrillón venga algo al respecto. Lo miraré.
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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Vie 25 Mar 2011, 13:50

Bueno, querría indicar que el comité de Cádiz decidió que mi proyecto fuera ganador:

http://www.uca.es/es/cargarAplicacionNoticia.do?identificador=2826

Tampoco quiero hacer mucha publicidad de ésto, pero querría daros la noticia ya que desde aquí he recibido mucho apoyo para la aplicación.

En breve habrá más novedades!!! (datos geográficos, extinción, época geológica, etcétera)

Saludos,
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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Sáb 26 Mar 2011, 01:47

Mi más sincera enhorabuena, porque su trabajo tiene realizar un trabajo como este.
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MensajeTema: Re: FreePhyloTree   Sáb 26 Mar 2011, 02:11

Enhorabuena Pere, ahora mismo pogon la noticia en Portada!, y mucho ánimo, la idea es muy buena y el trabajo que necesita es enorme para ti solo!, el premio sin duda es merecido...

Saludos

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